Mariano Larraz, que fue jugador en 1957, se convirtió en el nuevo DT y guió a Emelec a su segundo título, en 1961. En ese año, ocho equipos participaron en el torneo: El Nacional, Emelec, Patria, Everest, Liga de Quito, Deportivo Quito, Barcelona, España y Macará. El sistema del campeonato consistió en que los equipos se enfrenten a los rivales de la otra región en partidos de ida y vuelta. Los azules ganaros y empataron con Macará, ganaron y perdieron ante Liga de Quito y Deportivo Quito y obtuvieron dos empates ante el España. Esos resultados determinaron que haya una final ante Deportivo Quito. Sin embargo, El viernes 2 de febrero de 1962, Emelec fue proclamado campeón nacional por la Comisión Técnica Nacional de Fútbol No Amateur sin importar el resultado de la final. Esto por un reclamo del Club Sport Patria y el Club Sport Emelec, de que el Deportivo Quito hizo jugar al jugador Gustavo Tobar, quien no estaba habilitado. La figura de esta corona fue, nuevamente, Carlos Raffo (fallecido). El delantero metió cinco goles en el torneo.